Der Gesetzgeber legt laut den RKI-Richtlinien besonderen Wert auf Hygiene in Praxen. Charly  wird allen Anforderungen gerecht. Er dokumentiert den Sterilisationsvorgang optimal: Instrumente und Trays können in Charly mit Hilfe von Barcodes nachvollziehbar verwaltet werden. Die Sterilisation kann lückenlos erfasst und nachverfolgt werden. Wenn die Instrumente benutzt werden, kennzeichnet Charly diese automatisch als unsteril. Bei der Sterilisation können die entsprechenden Protokolle direkt in Charly hinterlegt werden.